ترأس مانديلا الانتقال من حكم الأقلية بنظام الفصل العنصري إلى الديمقراطية متعددة الثقافات، ورأى في المصالحة الوطنية بأنها المهمة الأساسية في فترة رئاسته. وبعد أن شاهد كيف تضررت الاقتصادات الأفريقية في مرحلة ما بعد الاستعمارية برحيل النخب البيضاء، عمل مانديلا على طمأنة السكان البيض في جنوب أفريقيا بأنهم ممثلون في «أمة قوس قزح».
حاول مانديلا تكوين أوسع تحالف ممكن في مكتبه، مع دي كليرك في منصب نائب أول رئيس في حين أصبح غيره من مسؤولي الحزب الوطني وزراء للزراعة والطاقة والبيئة والطاقة والمعادن، وتولى وزارة الشؤون الداخلية بوثيليزي. أما غالبية المناصب الوزارية فعادت لأعضاء من حزب المؤتمر الوطني الأفريقي، مثل جو موديسي وألفريد نزو وجو سلوفو وماك ماهاراج ودولا عمر وغيرهم من الرفاق القدمى وآخرين أيضا، مثل تيتو مبووني وجيف راديبي، كانوا أصغر سنا. توترت علاقة مانديلا بدي كليرك، حيث اعتبر مانديلا بأن دي كليرك يتعمد الاستفزاز، في حين شعر دي كليرك بأنه يتعرض للإذلال من قبل الرئيس. في يناير 1995، انتقده مانديلا بشدة له لمنح العفو لـ 3،500 شرطي قبيل الانتخابات، وانتقده في وقت لاحق لدفاعه عن وزير الدفاع ماغنوس مالان عندما اتهم الأخير بالقتل.
التقى مانديلا بشخصيات بارزة في نظام الفصل العنصري، بما في ذلك هندريك فيرورد أرملة Betsie Schoombie والمحامي بيرسي يوتار؛ مؤكدا صفحه ومصالحته الشخصي، واعلن ان "الشعب الشجاع لا يخشى المسامحة، من أجل السلام". شجع السود في جنوب أفريقيا على تشجيع فريق الرجبي الوطني «سبرينغبوكس - Springboks» الذي كان يكرهه سابقا، عندما استضافت جنوب أفريقيا كأس العالم للرجبي عام 1995. وبعد فوز سبرينغبوكس في ملحمة النهائي على نيوزيلندا، قدم مانديلا الكأس لقائد الفريق فرانسوا بينار، وهو الأفريكاني، وهو يرتدي قميص لسبرينغبوك يحمل رقم 6. نظر للحدث على نطاق واسع بمثابة الخطوة الرئيسية في تحقيق المصالحة بين البيض والسود في جنوب أفريقيا، كما قال دي كليرك في وقت لاحق : "فاز مانديلا بقلوب الملايين من مشجعي فريق الرجبي البيض"
.خففت جهود مانديلا في المصالحة من مخاوف البيض، ووجهت أيضا الانتقادات للسود المتشددين. اتهمت ويني (طليقة منديلا) حزب المؤتمر الوطني الأفريقي بكونه أكثر اهتماما باسترضاء البيض من مساعدة السود.رغم الجدل المثار، أشرف مانديلا على تشكيل «لجنة الحقيقة والمصالحة» للتحقيق في الجرائم التي ارتكبت في ظل نظام الفصل العنصري من جانب كل من الحكومة وحزب المؤتمر الوطني الأفريقي، وعين ديزموند توتو رئيسا للجنة. ومنعا لاتخاذ شهداء، منحت اللجنة عفوا فرديا لكل من يدلي بشهادته حول الجرائم التي ارتكبت في حقبة الفصل العنصري. في فبراير عام 1996، سلم ماندبلا تقريرا عن التفاصيل جلسات الاستماع التي دامت عامين حول عمليات الاغتصاب والتعذيب والتفجيرات والاغتيالات، قبل إصدار التقرير النهائي في أكتوبر 1998. ناشد كل من دي كليرك ومبيكي حذف أجزاء من التقرير، واستجيب فقط لدي كليرك. أشاد مانديلا بعمل اللجنة، مشيرا إلى أنها "ساعدتنا في الابتعاد عن الماضي والتركيز على الحاضر والمستقبل".