بعد نهاية الحظر الثاني في أيلول 1955، ذهب مانديلا في يوم عطلة العمل إلى ترانسكاي لمناقشة الآثار المترتبة عن قانون سلطات بانتو 1951 مع زعماء القبائل المحلية. واغتنم الفرصة لزيارة والدته أيضا وNoengland قبل العودة إلى كيب تاون. في مارس 1956، تلقى إعلانا بحظر ثالث خص الظهور العام، حيث تم حصره على جوهانسبرج لمدة خمس سنوات، ولكنه كان يتحداه في أحيان عدة. تحطم زواجه عندما أقدمت إيفلين على مغادرة البيت مع أبنائهم للعيش مع شقيقها. وشرعت في إجراءات الطلاق في مايو 1956، مدعية أن مانديلا كان يسيء لها جسديا، الأمر الذي نفاه مانديلا، واشتد الصراع بينهم حول حضانة الأطفال. سحبت إيفلين عريضة الانفصال في نوفمبر، ولكن مانديلا واصل إجراءات الطلاق في يناير من عام 1958، والتي انتهت بالطلاق في مارس مع عودة حضانة الأطفال لأمهم إيفلين. أثناء إجراءات الطلاق، نشأت علاقة بينه وبين الأخصائية الاجتماعية، ويني ماديكيزيلا، وتزوجا في 14 يونيو1958 في بيزانا.
وأصبحت ويني، في وقت لاحق، مشاركة في أنشطة حزب المؤتمر الوطني الأفريقي، وقضت عدة أسابيع في السجن. في 5 ديسمبر 1956، اعتقل مانديلا إلى جانب معظم المجلس التنفيذي لحزب المؤتمر الوطني الأفريقي بتهمة «الخيانة العظمى» للدولة. احتجز في سجن جوهانسبرغ وسط احتجاجات واسعة، وخضع للتحقيق الابتدائي في دريل هال في 19 ديسمبر، قبل تحديد مدة سجنه. بدأ طعن الدفاع في 9 يناير 1957، وأشرف عليه محامي الدفاع فيرنون بيرنجيه، واستمرت القضية حتى توقفت في سبتمبر. في يناير 1958، تم تعيين القاضي أوزوالد بيرو لترأس القضية، وفي فبراير استبعد القاضي أن يكون هناك "سبب كاف" لدفاع المتهمين يسمح باللجوء إلى المحكمة العليا بترانسفال. بدأت المحاكمة بالخيانة رسميا في بريتوريا في أغسطس 1958، بعد أن لبي طلب المتهمين بتعويض القضاة الثلاثة، المرتبطون كلهم بالحزب الوطني الحاكم. في أغسطس، أسقطت تهمة واحدة، وفي أكتوبر سحبت النيابة لائحة الاتهام، لتقدمها بصيغة معدلة في نوفمبر متهمة جميع قادة حزب المؤتمر الوطني الأفريقي بالخيانة العظمى بحجة دعوتهم لثورة عنيفة، الأمر الذي أنكره المتهمون.
في أبريل 1959، قامت مجموعة من الأفارقة، غير الراضين عن نهج الجبهة المتحدة لحزب المؤتمر الوطني الأفريقي، بتأسيس «مؤتمر كل الأفارقة». وانتخب صديق مانديلا روبيرت رئيسا، في حين كان مانديلا يعتقد أن المجموعة "غير ناضجة" خاض الطرفان حملة ضد تراخيص المرور في مايو 1960، أحرق الأفارقة خلالها تراخيص مرورهم التي كانوا مضطرون لحملها قانونا. وشهدت إحدى المظاهرات التي نظمها باك إطلاق الشرطة للنار، ما أسفر عن مقتل 69 متظاهرا في «مجزرة شاربفيل». تضامنا، أحرق مانديلا علنا تراخيص مروره، كما اندلعت أعمال شغب في جميع أنحاء جنوب أفريقيا، مما أدى بالحكومة لإعلان الأحكام العرفية.
في ظل التدابير الطارئة، اعتقل مانديلا وغيره من الناشطين في 30 مارس، وسجنوا بدون توجيه اتهام في ظروف غير صحية بسجن بريتوريا المحلي، في حين أن حزب المؤتمر الوطني الأفريقي و حظرا في أبريل. وهذا شكل صعوبة للمحامين في الوصول إليهم، وتم الاتفاق على أن فريق الدفاع في محاكمة الخيانة سينسحب احتجاجا. فمثل المعتقلون أنفسهم أمام المحكمة، وما لبثوا أن افرج عنهم من السجن عند رفع حالة الطوارئ في أواخر أغسطس. استخدم مانديلا وقت فراغه في تنظيم «الكل في المؤتمر الأفريقي» بالقرب من بيترماريتزبرج، ناتال، في مارس، حضره 1400 مفوضا من جميع الجماعات المناهضة للفصل العنصري، واتفقوا على «البقاء في بيوتهم» كعلامة احتجاج في يوم 31 مايو، وهو اليوم الذي أصبحت فيه جنوب أفريقياجمهورية. في 29 مارس 1961، وبعد محاكمة دامت ست سنوات، نطق القضاة بحكم البراءة، ما شكل إحراجا للحكومة.