تم تنصيب مانديلا في بريتوريا في 10 مايو 1994، وتابع المراسيم عبر نقل تلفزي مليار مشاهد حول العالم. وحضر هذا الحدث 4000 ضيف، من بينهم قادة العالم من خلفيات متباينة. كأول رئيس أسود لجنوب أفريقيا، أصبح مانديلا رئيسا لحكومة الوحدة الوطنية التي هيمن عليها حزب المؤتمر الوطني الأفريقي - ولم تكن له أي تجربة في الحكم - وضمت الحكومة أيضا نوابا من الحزب الوطني وانكاثا. تمشيا مع الاتفاقات السابقة، أصبح دي كليرك نائبا أولا للرئيس، في حين تم اختيار ثابو مبيكي نائبا ثانيا.
وبالرغم من أن مبيكي لم يكن الاختيار الأول لهذا المنصب، إلا أن مانديلا أراده أن ينمو ليعتمد عليه بشكل كبير خلال فترة رئاسته، والسماح له بتنظيم تفاصيل السياسة. انتقل مانديلا إلى مكتب الرئاسة في Tuynhuys في كيب تاون، وسمح لدي كليرك بالبقاء في مقر الرئاسة بشور غروت، وبدلا من واستبروك مانور، والذي أطلق عليه اسم "Genadendal"، ويعني "وادي الرحمة" في اللغة الأفريكانية.احتفظ بمنزله في هوتون ، وكان له منزل أيضا مبني في بلدته Qunu، كان يزوره بانتظام، ويتمشى في أنحاء المنطقة ويجتمع مع السكان المحليين ويحل النزاعات القبلية.
في ديسمبر 1994، نشرت في نهاية المطاف سيرة ذاتية لمانديلا بعنوان «المسيرة الطويلة إلى الحرية». في أواخر عام 1994، حضر المؤتمر 49 للمؤتمر الوطني الأفريقي في بلومفونتين، والذي شهد انتخاب أعضاء أكثر للتنفيذية الوطنية، من بينهم ويني مانديلا، والتي أعربت عن رغبتها في التصالح، لكن نيلسون شرع في إجراءات الطلاق في شهر أغسطس 1995. بحلول عام 1995، نشأت علاقة بينه وغراسا ماشيل، الناشطة السياسية أصغر منه بـ 27 سنة وأرملة الرئيس سامورا ماشيل. وكان قد سبق أن التقى بها لأول مرة في يوليو 1990، عندما كانت لا تزال في حداد، ونمت صداقتهما إلى شراكة، وصارت ماشيل ترافقه في العديد من زياراته الخارجية. رفضت طلب مانديلا الأول بالزواج، رغبة منها في الاحتفاظ ببعض الاستقلالية وتقسيم وقتها بين موزمبيق وجوهانسبرغ.
في سن 76، واجه مشاكل صحية مختلفة، ورغم ذلك استمر في عرض نشاطه، كما شعر بالعزلة والوحدة. غالبا ما كان يتصل بالمشاهير : مثلمايكل جاكسون وووبي غولدبرغ وفريق سبايس جيرلز، كما صداق عدد من رجال الأعمال الأغنياء جدا، مثل هاري أوبنهايمر، وكذا ملكة بريطانيااليزابيث الثانية التي كانت لها زيارة دولة في مارس 1995 إلى جنوب أفريقيا، ما أدى لانتقادات قوية من أعضاء من حزب المؤتمر الوطني الأفريقي مناهضين للرأسمالية. ورغم محيطه الفخم، عاش مانديلا ببساطة، وتبرع بثلث دخله السنوي المقدر بـ 552 ألف لصندوق نيلسون مانديلا للأطفال، الذي أسسه في عام 1995.كما تحدث علنا لصالح حرية الصحافة وصادق العديد من الصحفيين، وكان مانديلا ينتقد الكثير من وسائل الإعلام في البلاد، مشيرا إلى أن أغلبيتها الساحقة يملكها ويديرها البيض من الطبقة المتوسطة واعتقد بأنها تركزت كثيرا على إثارة الذعر حول الجريمة. كان يغير ملابسه عدة مرات في اليوم، بعد تأدية مهام الرئاسة، احدى العلامات التجارية التي كان يستخدمها مانديلا كانت قمصان باتيك، والمعروفة باسم "قمصان ماديبا"، وحتى في المناسبات الرسمية.