اُرسل مصطفى كمال رئيس الأركان إلى الجيش الخامس القائم بالعاصمة دمشق وذلك عقب تخرجه من اجل التَدَرٌب. وهناك اثناء التدريب كان له دور رئيسي في صفوف المدفعية والفرسان وسلاح المشاة. كان يعمل في الجيش الخامس تحت رئاسة لطفى مفيد بى . وأول تدريب له تم في الكتيبة الثلاثين للسلاح الفرسان. وفى ذلك الوقت كان مصطفى كمال شديد الاهتمام بالثورات المتعددة الناشبة في سورياعلى اعتبار كونه ضابط بالأركان تحت التَدَرٌب ، وعلى اثر احد هذه الحروب اكتسب خبرة كبرى.وبعد اربعة اشهر من ردعه للثورات ، عاد إلى دمشق.
وفى شهر اكتوبر من عام 1906 ذهب إلى سالونيك دون تصريح من الجيش ؛ وذلك بعد تأسيسه لجمعية الوطن والحرية مع الرائد لطفى بى ،و د/ محمود بى ،و لطفى مفيد بى ،و الطبيب العسكرى مصطفى جنتكين ، أقام هناك فرع جديد للجمعية . وبعد مدة عاد إلى يافا بمعاونة حسن بى الذي كان بمثابة أخ له ، كما انه توسط له لدى احمد بى ؛ حيث عرض عليه أن يرسل مصطفى كمال إلى بروسبى القائمة على الحدود المصرية. وبالفعل عُين في بروسبى. وبعد فترة أُسل مرة آخرى إلى دمشق للتَدَرٌب في سلاح المدفعية.
وفى العشرين من يونيو 1907 اصبح نقيب ذو خبرة عالية.أما في الثالث عشر من اكتوبر من العام نفسه عُين قائد للجيش الثالث[. وفى فبراير من عام 1908 انضم لجمعية الاتحاد والترقى ؛ وذلك عند وصوله إلى سالونيك وعلمه بإنضمام فرع جمعية الوطن والحرية إلى جمعية الاتحاد والترقى. اما في الثانى والعشرين من يونيو من العام نفسه عُين رئيس مفتشى الطرق الحديدية للمنطقه الشرقية الرومانية .عقب اعلان المشروطية في الثالث والعشرين من يوليو عام 1908 ارسل من قبل جمعية الاتحاد والترقى إلى غرب طرابلس إحدى بلدان ليبيا في نهاية عام 1908 وذلك من اجل بحث المشاكل الاجتماعية والسياسية ودراسة الاوضاع الامنية .
وهناك بث (بعث) في اليبين افكار ثورة 1908 ، وسعى في كسب الأجناس الآخرى القاطنين هناك إلى سياسة جون ترك. وبجانب هذه المهمة السياسية اهتم أيضاً بالوضع الأمنى لشعب المنطقة .درّب العساكرعلى خطط تكتيكية حديثة بإعتباره قائد الحامية العسكرية ببنى غازى ، وذلك من خلال الأعمال الحربية التي كانت تنفذ خارج البلدة.واثناء فترة التمرين حاصر منزل الشيخ منصور ذلك المتمرد ووضعه تحت سيطرته كى يكون عبرة لكافة القوى المعارضة للنظام في المنطقة.بالإضافة لذلك بدء الجيش الاحتياطى في تنفيذ خطة لحماية أهالى المنطقة وما يحيط بها من مناطق ريفية.
في الثالث عشر من يناير 1909 صار رئيس اركان حرب لفرقة رديف بسالونيك، وفى الثالث عشر من ابريل 1909 صار رئيس اركان حرب للوحدات العسكرية الأولى المتصلة بجيش الحركة الذي توجه إلى استانبول في التاسع عشر من ابريل من العام نفسه بقيادة الميرالاى محمود شوكت باشا ، الذي توجه إلى هناك بعد اجتيازه (عبوره ) مدينتى سالونيك وادرنا؛ لقمع عصيان الحادى والثلاثين من مارس الذي بدء مع عصيان الكتيبة الثانية والرابعة للقناصةوالتى تطورت احداثها بتدخل قوات آخرى. وفيما بعد تقلد مناصب عدة منها رئاسة اركان حرب الجيش الثالث ،و رئاسة مركز التدريبات العسكرية بالجيش الثالث نفسه،و رئاسة اركان حرب الفيلق الخامس ،و رئاسة سلاح المشاة الثامن والثلاثين .
وفيما بين الثانى عشر والثامن عشر من ديسمبر لعام 1910 ، بُعث مصطفى كمال اتاتورك إلى مناورات بيجارديا التي نظمت في فرنسا .وهناك لم يستقل طائرة قط ؛ بتحذير من قائده حتى إذا دُعى للقيام بذلك. فتلك الطائرة التي لم يركبها سقطت على الارض ومات كل من كان بداخلها . ويرى بعض الكتاب أن موقفه هذا له علاقة بتصرفه الحذر الكائن عقب الحادث الذي عايشه في مناورات بيجارديا.وعقب عودة مصطفى كمال إلى استانبول، تقلد منصب في مركز قيادة الجيش هناك وذلك في السابع والعشرين من ديسمبر عام 1911 .