في عام 1999، وخلال زيارة إلى إسرائيل وقطاع غزة، طلب نيلسون مانديلا من إسرائيل الانسحاب من الأراضي المحتلة ومن الدول العربية أيضا أن تعترف بحق إسرائيل في الوجود ضمن حدود آمنة. وقال مانديلا أنه "جاءت هذه الزيارة لشفاء الجروح القديمة الناجمة عن علاقة إسرائيل بنظام الفصل العنصري السابق في جنوب أفريقيا" . أثناء فترة رئاسته في عام 1997، وبمناسبة اليوم الدولي للتضامن مع الشعب الفلسطيني، كان نيلسون مانديلا قد أرسل رسالة رسمية لدعم ياسر عرفات والفلسطينيين من أجل تقرير المصير وإقامة الدولة مستقلة في إطار عملية السلام .
في عام 1990، واجه مخاوف من المجتمع اليهودي الأمريكي، وقد كان نيلسون مانديلا قد دافع بالفعل عن علاقته مع ياسر عرفات ومنظمة التحرير الفلسطينية، الذين دعموا تاريخيا دائما حزب المؤتمر الأفريقي. وقال أن منظمته في نفس صف منظمة التحرير الفلسطينية لأنهما تحاربان من أجل تقرير المصير ولكن حزب المؤتمر الوطني الأفريقي لم يشكك أبدا في حق دولة إسرائيل في الوجود، ولكن خارج الأراضي المحتلة. سبق لنيلسون مانديلا أن قارن بين نضال الفلسطينيين ونضال السود في جنوب أفريقيا.
أدان مجلس حكماء العالم والذي كان مانديلا عضوا فيه، هجوم الجيش الإسرائيلي على أسطول غزة الذي «لا يغتفر تماما» والذي سقط خلاله العديد من المدنيين شهداء في 31 مايو 2010. ودعا إلى وضع حد للحصار على قطاع غزة، مشيرا إلى أن نصف سكان غزة البالغ عددهم مليون ونصف المليون نسمة هم تحت 18 سنة وأن هذا الحصار «غير قانوني وغير مفيد لأنه يشجع المتطرفين».