المقاومة في بالاردن
في 3 فبراير 1969 انتخب رئيساً للجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية وأصبح بذلك القائد الأعلى لمنظمة التحرير الفلسطينية،التي كانت تضم عدة تنظيمات فلسطينية، واستمر بتولي هذا المنصب حتى وفاته[7]. وبعد توليه المنصب أرسى عرفات تطبيق سياسة المقاومة المسلحة لتحرير فلسطين، وفي هذا الإطار قامت حركة فتح بسلسلة من الأعمال المسلحة ضد أهداف إسرائيلية تهدف إلى إنهاء دولة إسرائيل واقامة دولة فلسطينية علمانية يعيش فيها جميع أهل فلسطين بمختلف دياناتهم وطوائفهم متساوون في الحقوق والواجبات، وفي هذه الأثناء ،وقعت الأردن تحت طائلة الضغوط من بعض الدول العربية من جهة ة التي كانت تطالبها بتوفير كل دعم ممكن للمقاومين الفلسطينيين، ومن جهة أخرى أصبحت الأردن تمتلئ بتنظيماتفلسطينية صغيرة تمارس السلطة بدل السلطة الأردنية، وهي بذلك تخرق بشكل سافر السيادة الأردنية وتشكل دولة داخل دولة.
وفي سبتمبر من عام 1970 بدأت تتصاعد المواجهة بين التنظيمات الفلسطينية والسلطات الأردنية، مع العلم أن هذا التوتر كان قد بدأ بالفعل منذ عام 1969، وكان الصراع قد بدأ بمناوشات خفيفة بين الفلسطينيين والدرك الأردني، لكن الأمر تصاعد مع الزمن وبدأت تزداد حدة المواجهة بين الطرفين، ولم تفلح كل الجهود والوساطات التي بذلت سواء من جانب دول عربية أو من جانبه، إلى أن إتخذت المواجهة بين التنظيمات الفلسطينية والسلطات الأردنية منحنى خطير بعد أن جرت محاولة اغتيال فاشلة لملك الأردن الحسين بن طلال، وكذلك في نفس الشهر تم اختطاف طائرتي ركاب وتم اجبارهما على الهبوط في الأراضي الأردنية. وهذه الأحداث جعلت الملك الأردني أكثر تصميماً على وضع حد لتدهور سيادة الأردن على أراضيه .
فبدأ الجيش الأردني عملياته ضد التنظيمات الفلسطينية بقصف مكثف على القواعد العسكرية الفلسطينية خصوصا في منطقة إربد، لكن القصف والمواجهة سرعان ما توسع ليشمل معظم الأراضي الأردنية، وخلال هذه المواجهات ارتكبت مجازر وقتل آلافالفلسطينيين وهو ما يعرف باسم أحداث أيلول الأسود. وفي عام 1971 غادرت المقاومة الفلسطينية برئاسته إلى لبنان لتبحث لها عن موطئ قدم آخر للمقاومة.
قبل تاسيس حركة فتح ومنذ العام 1958 كان ياسر عرفات قد تجول في فلسطين مع أحد أقدم مؤسسى الثورة وهو محمود على أبوبكر من جنين الذي عاصر فترة عام ال48 وكان من المقاتلين القدامى وقد ساهم بشكل كبير في بداية تاسيس الثورة على تنظيم الخلايا العسكرية في الضفه الغربية وتجول مع ياسر عرفات في معظم مناطق الضفه والداخل وكان معهم أبو الاسمر من قرية الطيبة.
خرج من الأردن بالسر، وبدأت قوى المقاومة التي كان قد تم طردها من المدن الأردنية إلى أحراش جرش في الانتقال إلى لبنانبموجب اتفاقية مسبقة مع الحكومة اللبنانية أشرف عليها الرئيس المصري جمال عبد الناصر، وتم تأسيس مقر قيادة فيبيروت الغربية وقواعد مقاومة في الجنوب اللبناني في المنطقة التي عرفت باسم فتح لاند وبدأ رجال المنظمة بالفعل بشن عمليات مسلحة ضد إسرائيل، لكن سرعان ما اندلعت حرب أهلية لبنانية طاحنة، وجدت المنظمة نفسها متورطة فيها كطرف من حين لآخر لا سيما أن قوى وطنية من الموارنةعارضت التواجد الفلسطيني.المقاومة بجنوب لبنان
وعلى الرغم من محاولاته مع بعض الزعامات الفلسطينية استيعاب ما حدث في الأردن والتركيز على المقاومة إلا أن دخول المقاومة لدوامة الحرب والعنف كان أمر من الصعب تجنبه في ظل حالة الاستقطاب التي كانت سائدة بين يسار مرحب بالفلسطينيين ويمين معادي لهم، لكن اللافت أكثر في الحقبة اللبنانية هي حدوث تحول في مواقفه والمنظمة من دمج العمل المقاوم مع النشاط السياسي، ففي عام 1974 تم قبول خطة المراحل[6] والتي ظاهرياً لم تتخلى عن الهدف المعلن وهو القضاء على دولة إسرائيل بل أعلنت أن المنظمة مستعدة لاقامة دولة فلسطينية على أية أراضي فلسطينية يتم تحريرها. وبهذه الروحية توجه بخطاب شهير أمام الجمعية العامة للأمم المتحدة في نيويورك عام 1974 أشهره عبارته الرمزية الموجهةلإسرائيل عندما قال أن المسدس في يدي وغصن الزيتون في اليد الأخرى، فلا تسقطوا غصن الزيتون من يدي.
كذلك رفض خطة تقسيم فلسطين والتي أقرتها الأمم المتحدة، وضرب مثلاً على قرارالتقسيم بالمرأتين اللتين تنازعتا على طفل عند الملك سليمان وشبه موقفه، بموقف المرأة التي رفضت تقسيم ابنها بحسب ما أمر به سليمان لاستجلاء الحقيقة. كذلك أوضح في خطابه عدم عداءه لليهود إنما هو يعادي الصهيونية.
وعندما أبرمت مصر بقيادة محمد أنور السادات اتفاقية كامب ديفيد عارض هذه الاتفاقية والتي كانت تحتوي بنود تعطي الشعب الفلسطيني الحق في إقامة حكم ذاتي داخل الأراضيالفلسطينية.
وكان تواجد المقاومة الفلسطينية في جنوب لبنان بمثابة الشوكة التي تقض مهجع إسرائيل، ولهذا سارعت إسرائيل بإرسال قواتها لاجتياح جنوب لبنان إثر عملية فلسطينية مسلحة على الطريق الساحلي داخل إسرائيل. هذه العملية سماها الإسرائيليين عملية الليطاني وتم خلالها قصف كثير من مراكز المقاومة الفلسطينية، وبطلب من لبنان تدخلت الأمم المتحدة وأرسلت قوات اليونيفيل للانتشار جنوب النهر، وبعد ذلك أكملت إسرائيل انسحابها من لبنان، لكن الحرب والعمليات العسكرية استمرت في تلك المنطقة لتصل إلى الذروة، باجتياح إسرائيل شبه الشامل للبنان.